Isolasi DNA pada Sampel Darah Tepi dan Swab Buccal pada Bayi Penderita ROP: Perbandingan Hasil Uji Konsentrasi dan Indeks Kemurnian

Jo Edy Siswanto, Tiara Berlian, Evira Putricahya, Lidya V Panggalo, Luluk Yuniani

Sari


Latar belakang. Retinopati prematuritas (ROP) adalah gangguan perkembangan dari pembuluh darah retina yang mengenai bayi prematur. Faktor genetik diduga berperan terhadap kejadian ROP. Konsentrasi dan kemurnian DNA hasil isolasi diperlukan untuk analisis pemeriksan genetik pada kasus ROP.
Tujuan. Mengetahui konsentrasi dan indeks kemurnian DNA menggunakan sampel whole blood, buffy coat dan swab buccal pada kelompok bayi-bayi prematur yang masuk dalam kriteria penapisan ROP.
Metode. Enam puluh dari total 182 subyek yang terdiagnosis ROP terpilih dengan systematic random sampling. Konsentrasi dihitung melalui penyerapan spektrofotometrik sinar ultraviolet. Kemurnian ditentukan dengan menghitung rasio antara OD260 dan nilai OD280. Analisis statistik dilakukan dengan uji Kruskal Wallis dan Mann Whitney.
Hasil. Uji konsentrasi DNA menggunakan sampel buffy coat lebih tinggi dibandingkan whole blood dan swab buccal. Sampel whole blood mempunyai indeks kemurnian yang paling baik.
Kesimpulan. Konsentrasi DNA sampel buffy coat dan whole blood cukup tinggi dengan indeks kemurnian yang baik untuk analisis genetika.

 


Kata Kunci


isolasi DNA; konsentrasi dan indeks kemurnian; ROP.

Teks Lengkap:

PDF

Referensi


Azad. Retinopathy of prematurity. New Delhi Dr. Rajendra Prasad Centre for Ophtalmic Sciences. All India Institute of Med Sci 2006:8-106.

Terry TL. Extreme prematurity and fiberplastic overgrowth of persistent vasculer sheath behind each crystalline lens. I.A Preliminary report. J Ophtalmol 1942;25:203-4.

Smith LE. Review article. Pathogenesis of retinopathy of prematurity. Departement of Ophtalmology, Children’s Hospital Harvard Medical School-Boston. Semin Neonatol 2003;8:469-73.

The International Committee for the Classification of the Late Stages of Retinopathy of Prematurity. An international classification of retinopathy of prematurity. II. The classification of retinal detachment. Arch Ophthalmol 1987;105:906–12.

Wheatley CM, Dickinson J.L, Mackey DA. Retinopathy of prematurity: recent advanced in our understanding. Br J Ophthalmol 2002;86:696-700.

Piccioni A, Lanners J, Goergen E. Early rehabilitation in retinopathy of prematurity children (0–4 years). Progress in retinopathy of prematurity. Proceedings of the international symposium on retinopathy of prematurity, 1997, Taormina, Italy. Amsterdam/New York: Kugler Publications, 1997.

Russel PJ. Genetics. Edisi ke-2. Ilinois: Scott, Foresman and Company;1990.

Nicholl DST. An introduction to genetic engineering. Crambridge: Cambridge University Press;2002.

Murray RK. Biokimia Harper. Edisi ke-29. Jakarta: ECG Penerbit Buku Kedokteran;2014.

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. Edisi ke-4. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press;2012.

Mychaleckyj JC. Buffy coat specimens remain viable as a DNA source for highly multiplexed genome-wide genetic tests after long term storage. Journal of Translational Medicine 2011; 9:91.

Rogers NL, Cole SA, Lan HC, Crossa A, Demerath EW. New saliva DNA collection method compared to buccal cell collection techniques for epidemiological studies. Am J Hum Biol 2007;19:319-326.

High Pure PCR Template Preparation Kit - Roche. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: www.roche-applied-science.com, high pure pcr template preparation kit version 20. Oktober 2012 .

Brown TA. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Edisi ke-6. New York; Chapman and Hall: 2010.

Ayu Wulandhari. Optimalisasi hasil ekstraksi DNA dari darah segar sapi menggunakan high salt method dengan perbandingan darah dan lisis buffer pada kecepatan sentrifugasi berbeda, skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor, 2009.

Determination of DNA concentration by Spectrophotometric Estimatio. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: http://homepages.bw.edu/~mbumbuli/molbio/labs/dna/

Dellman HD, Brown EM. Buku teks histologi veteriner II. Edisi ke-3. Terjemahan : R. Hartono. Jakarta: Penerbit Universitas Indonesia;1992.

Beckett SM, Laughton SJ, Dalla Pozza L, McCowage GB, Marshall G, Cohn RJ. Ashton LJ. Buccal swabs and treated cards: methodological considerations for molecular epidemiologic studies examining pediatric populations. Am J Epidemiol 2008;16:1260-7.

Hansen TVO, Simonsen MK, Nielsen FC, Hundrup YA. Collection of blood, saliva, and buccal cell samples in a pilot study on the Danish nurse cohort: comparison of the response rate and quality of genomic DNA. Cancer Epidemiol Biomarkers & Prevention 2007;16:2072-6.

Nedel F, Conde MCM, de Oliveira IO,Tarquinio SBC, Demarco FF. Comparison Between DNA Obtained From Buccal Cells of the Upper and Lower Gutter Area. Braz Dent J 2009;20: 275-8.

Ghatak S, Muthukumaran RB, Nachimuthu SK. A Simple Method of Genomic DNA Extraction from Human Samples for PCR-RFLP Analysis. J Biomolecular Techniques 2013;24:224-31.

Genomed catalogue 2008-2009. Jetquick protocol for the purification of DNA from buccal swabs and whole blood. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: http://www.brunschwigch.com/pdf/downloads/GE_JetQuick_DNA_buccal_Protocol.pdf.

NanoDrop. Technical Support Bulletin T009. 260/280 and 260/230 Ratios NanoDrop® ND-1000 and ND-8000 8-Sample Spectrophotometers. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: www.bio.davidson.edu/GCAt/protocols/NanoDrop_tip.pdf.

Held PG. Nucleic acid purity assessment using A260/A280 ratios. 2006. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: http://www.biotek.com/resources/docs/PowerWave200_Nucleic_Acid_Purity_Assessment.pdf.

NanoDrop Technologies. 260/280 and 260/230 Ratios NanoDrop® ND-1000 and ND-8000 8-Sample Spectrophotometers. Diunduh pada 12 Desember 2016. Didapat dari: http://www.bio.davidson.edu/projects/gcat/protocols/NanoDrop_tip.pdf. 2007.

Yunaini. Isolasi DNA, primer design (desain primer), polymerase chain reaction (PCR), restrictive leng polymorphism (RLFP), DNA sequencing (sekuencing DNA) dan analisa sekuensing DNA, laporan praktikum genetika molekuler. Jakarta: Program Pasca Sarjana, Program Studi Ilmu Biomedik. Universitas Indonesia, 2010.




DOI: http://dx.doi.org/10.14238/sp18.4.2016.270-7

Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


##submission.copyrightStatement##

##submission.license.cc.by-nc-sa4.footer##

Informasi Editorial:
Badan Penerbit Ikatan Dokter Anak Indonesia
Jl. Salemba I No 5, Jakarta 10430, Indonesia
Phone/Fax: +62-21-3912577
Email: editorial [at] saripediatri.org

Lisensi Creative Commons
Sari Pediatri diterbitkan oleh Badan Penerbit Ikatan Dokter Anak Indonesia
Ciptaan disebarluaskan di bawah Lisensi Creative Commons Atribusi-NonKomersial-BerbagiSerupa 4.0 Internasional.